โรค เอส แอล อี เป็นโรคเรื้อรังที่มีอาการเกิดขึ้นกับหลายอวัยวะหรือหลายระบบ
ของร่างกาย บางรายอาการเหล่านี้เกิดขึ้นพร้อม ๆ กัน บางรายมีการแสดงออกเพียง
อวัยวะใดอวัยวะหนึ่งทีละระบบ เช่น มีปวดบวมตามข้อ มีผื่นขึ้นที่หน้า มีขาบวม
หน้าบวมจากไตอักเสบ หรือมีอาการทางระบบประสาท เป็นต้น บางรายมีอาการ
เฉียบพลันรุนแรง บางรายอาการค่อยเป็นค่อยไปในช่วงระยะเวลาหนึ่ง อาการที่
เกิดขึ้นกับอวัยวะต่าง ๆ ที่สำคัญคือ
อาการทางผิวหนัง ผู้ป่วยมักมีผื่นแดงขึ้นที่บริเวณใบหน้า บริเวณสันจมูก
และโหนกแก้ม 2 ข้าง เป็นรูปคล้ายผีเสื้อ หรือมี่ผื่นแดงคันบริเวณนอกร่มผ้าที่
ถูกแสงแดด หรือมีผื่นขึ้นเป็นวงเป็นแผลเป็นตามใบหน้า หนังศีรษะ หรือบริเวณ
ใบหู มีแผลในปาก โดยเฉพาะบริเวณเพดานปาก นอกจากนี้ยังมีผมร่วงมากขึ้น
อาการทางข้อและกล้ามเนื้อ ผู้ป่วยส่วนใหญ่จะมีอาการปวดข้อ มักเป็นข้อนิ้วมือ
ข้อมือ ข้อไหล่ ข้อเข่า หรือข้อเท้า บางครั้งมีบวมแดงร้อน ร่วมด้วยอาการทางไต
ผู้ป่วยมักมีอาการบวมบริเวณเท้า 2 ข้าง ขา หน้า หนังตา เนื่องจากมีการอักเสบที่ไต
ทำให้มีโปรตีนไข่ขาวจากเลือดรั่วออกมาในปัสสาวะจำนวนมาก รายที่มีอาการรุนแรง
จะมีความดันโลหิตสูงขึ้น ปัสสาวะออกน้อยลง ในรายที่มีอาการรุนแรงมากอาจถึงขั้นมี
ไตวายได้ในระยะเวลาอันสั้น อาการทางไตเป็นอาการสำคัญอันหนึ่งที่บอกว่าโรคเป็น
รุนแรง
อาการทางระบบเลือด ผู้ป่วยอาจมีโลหิตจาง มีเม็ดเลือดขาวหรือเกร็ดเลือดลดลง
ทำให้มีอาการอ่อนเพลีย มีภาวะติดเชื้อง่าย หรือมีจุดเลือดออกตามตัวได้
อาการทางระบบประสาท ผู้ป่วยบางรายอาจมีอาการชัก หรือมีอาการพูดเพ้อเจ้อ
ไม่รู้เรื่อง หรือคล้ายคนโรคจิต จำญาติพี่น้องไม่ได้ เนื่องจากมีการอักเสบของสมอง
หรือเส้นเลือดในสมอง
นอกจากนี้ยังมีอาการทางระบบอื่น ๆ ในร่างกาย เช่น ทางเดินอาหาร , หัวใจ
ปอด ได้ รวมทั้งมีอาการทั่วไป เช่นมีไข้ อ่อนเพลีย เบื่ออาหาร ปวดเมื่อยกล้ามเนื้อ
ปวดศีรษะ จิตใจหดหู่ ผู้ป่วยโรค เอส แอล อี แต่ละรายไม่จำเป็นต้องมีอาการครบ
ทุกระบบหรือมีอาการรุนแรง บางรายก็มีอาการน้อย เช่น มีไข้ ปวดข้อ มีผื่นขึ้น
ถือว่าไม่รุนแรง บางรายมีอาการรุนแรง มีไตอักเสบมากจนไตวาย มีอาการชัก
หรือมีปอดอักเสบรุนแรงจนมีเลือดออกในปอด อาการของโรคมักจะแสดงความ
รุนแรงมากหรือน้อย ภายในระยะเวลา 1-2 ปี แรกจากที่เริ่มมีอาการ หลังจากนั้น
มักจะเบาลงเรื่อย ๆ แต่อาจมีอาการกำเริบรุนแรงได้เป็นครั้ง ๆ